В МУП Иркутскавтотранс г. Иркутска работают следующие службы:

- безопасности движения и техники безопасности,

- эксплуатации,

- охраны туда,

- ГОиЧС.

Отделы: планово-экономический, коммерческий, юридический, энергетический, кадров, ПТО, ОТК, снабжения, ОХО.

А также бухгалтерия, делопроизводство, ремонтно-механические мастерские. На предприятии существует три автоколонны.